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亦称品系。指同种微生物不同来源的纯培养。从自然界中分离得到的每一个微生物纯培养都可称一个菌株。为了方便，菌株常用数字、地名或字母符号表示，如产生淀粉酶的菌种枯草杆菌7.658等。具有典型特征的菌株称为标准株。标准株为国际公认，可供生物制品或科学研究用，如金黄色葡萄球菌209P为筛选青霉素的标准株。
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