（三）曲折发展阶段

“文化大革命”初期，专业科研机构和科研人员受到严重摧残。中共福建省委采取了一系列措施保护科研人员，1966年6月25日，省委第一书记叶飞责成省科委党组书记陈超凡开列拟予保护的科学家名单，陈超凡代表省科委提出卢嘉锡、蔡启瑞、李来荣等57名福建省科技界著名的科学家、专家名单上报省委。
1969—1970年， 福建省科研机构相继被撤销改建。
1969年11月， 福建省农业科学院和直属的研究所撤销， 省农科院所属的分布在各专署农业科学研究所也相继下放给所在地区管辖。院属的茶叶研究所、工业原料作物研究所也分别下放给福安、龙溪专署领导。多数专家、教授被列入“横扫”之列，科研被迫中断。
1970年开始重组农业科研机构，成立省水产科学实验站。并在福州埔垱（原省农科院果树研究所所址）建立福建省农业科学试验站，下设育种、土肥、植保、果树、畜牧兽医5个组。同年，撤销省林业科学研究所、省森林工业科学研究所， 在南平莱舟成立省林业科学技术服务站。
1973年以后，福州市水产科学实验站、厦门市水产研究所等科研所相继成立。
1974年1月，恢复省林业科学研究所。宁德、龙岩、三明、南平等地（市）和沙县、尤溪等县（市）先后成立林业科学研究所。
1975年3月，省革委会水产局决定恢复福建省水产科学研究所，并配备单拖轮渔业调查船1艘， 命名“闽锋号”。
1975年5月，恢复福建省农业科学院，下设稻麦、果树、茶叶、蔗麻、蚕桑、畜牧兽医等6个研究所和土壤肥料、耕作轮作、植物保护3个研究室。