（二）建设农业环境监测网络

新疆农业环境保护监测站体系正在形成。以自治区农业环境监测站为中心，现已建有哈密地区农业环境监测站、阿克苏地区农业环境监测站、37个县级环境监测监理站和2个生态监测站。同时，环保、水利、林业、草原及中国科学院系统还建立了一系列以农业生态环境监测及研究为主的监测及研究定位站，连同农业部门的植保站、农业技术推广站，新疆农业环境监测网络系统已初步形成。新疆荒漠生态环境监测站1988年成立，1990年开始野外生态环境监测工作，已经建立了荒漠生态环境监测的试行指标体系，进行了新疆生态环境的综合分析研究，并通过《新疆维吾尔自治区环境质量年报》进行公布。此外，对荒漠及绿洲生态系统的遥感监测工作正在积极筹备之中。
针对塔里木河生态环境恶化问题，作为世界银行贷款项目塔里木农业灌、排和环保第一期工程的子项目——塔里木河流域生态监测站、网建设已见雏形。在塔里木河流域还将设分站开展乔、灌、草与土壤盐渍化、水环境和沙漠及土壤盐渍化的监测研究。
准噶尔荒漠生态研究站是国家环保局在“六五”科技规划中，指定新疆环境保护科学研究所建立的综合性研究站，1987年初具规模。该站开展荒漠区气候、生物、土壤、水文地质条件的年内、年际变化监测，为环境管理服务。
中国科学院阜康荒漠生态站是中科院生态监测网络的重点站之一。1987年成立。该站的研究成果对新疆农业环境的改善具有重要意义。
中国科学院策勒治沙站(1982年建立)、吐鲁番沙漠站(1972年建立)、莫索湾沙漠站(1960年建立)、巴音布鲁克生态站(1972年建立)，已经积累了大量的监测资料，为新疆农业环境的保护及农业的发展提供了可靠的依据。新疆草原研究所的呼图壁农业生态试验站，经过近10年的工作，已成为新疆农区畜牧业的示范基地。
目前，新疆农业环境监测网络还缺乏统一的管理和明确分工，必须进一步加强协调工作，合理布局，合理分工，统一监测方法，规范监测数据。