元明清时期

元代，安徽省有关伊斯兰教的记载明显增多。如大诗人萨都剌（萨天锡）为著名回族伊斯兰教人物，曾任淮西廉访司经历。回族人马九皋，以工于篆书和元曲闻名，官至太平路（治所今当涂）总管。随着元朝统一中国，政治地位仅低于蒙古人的色目人（其中多有回族伊斯兰教人物）大量担任地方官，安徽各府、州、县志书中皆有记载，如沙的阿撒、王速、马合谋火者、哈剌歹等等。既有众多回族伊斯兰教人物在地方任职，也有一大批回族伊斯兰教群众在地方定居。据《寿州志》记载，元世祖时，在芍陂屯田，屯田户先后达14800余人，屯田户多为元军西征时归附的新附军，他们多信仰伊斯兰教。由于信仰伊斯兰教人数增多，元代并设有专掌回教人之官职，据《元史·百官志》记载，江南诸道行御史台有回回掾史2人，行中书省有回回令史，各省设员有差，处理回族伊斯兰教方面的事务。
元末，朱元璋起兵于皖北，军中多回族伊斯兰教将领。如怀远常遇春，定远沐英、蓝玉、丁德兴，滁州人平安，皆回族伊斯兰教人物，跟随朱元璋征战南北，平定天下，战功显赫。由于这些影响，明代回族伊斯兰教地位较高，发展也较快，兴建了不少清真寺，如合肥、嘉山、凤阳、和县、颍上、无为、滁州、芜湖、亳县等地的清真寺，一直延续至今。
清代，伊斯兰教在安徽省继续传播发展。清初顺治年间(1644—1661)安徽不少地方都兴建了清真寺。由于康熙三十三年(1694)六月初七日颁行了“天下回民各守清真，不可违命，勿负朕有爱道之意”的上谕，自此全国各地回民伊斯兰教徒均得以公开建筑清真寺及研究教义。乾隆以后，西北回民起义不断，清政府严厉镇压，对全国回民之地位不无影响。清末光绪、道光年间，安徽回族伊斯兰教又有发展，此时各县大多新建了清真寺，一些旧的清真寺也得到重修。