明清时期

这一时期，回族大量进入安徽，形成两次大迁徙高潮。
第一次迁徙高潮出现在明朝初年。明太祖曾将西北回回一部“实徙江淮”。今蚌埠钱、李、回、忽4大姓回民即由山西真定迁来。由山西洪洞迁来七苏、八马、十七许于今砀山，迁安、杨、陈等姓于固镇，迁号称“六大家族”的边、赵、梅、朱、王、张姓于今寿县。颍上回民姚氏由江苏迁来，白氏由河南桑坡迁来。太和回民由北京、河南、江苏等地迁来并“集资建寺”。阜阳回民由山东枣庄迁来，凤台回民由陕西调卫而来，合肥地区回民由江西、辽宁、南京等地迁来，和县回民由陕西、山西、甘肃、河南、江苏等地迁来，安庆著名的马氏家族由山西调卫任职而来。
清初又形成了第二次迁徙高潮。由山西、河北、河南等地迁来一批回民定居寿县，从河南项城迁来回民一部定居界首，从南京迁来回民一部定居太和城关一带，从湖北沔阳、河南陈州、江苏南京迁来一批回民定居阜阳，从北京迁来一批回民定居嘉山，从山东枣庄迁来一批回民定居长丰，从陕西西安迁来一些回民定居和县。又有不少回民从各地涌进芜湖。
在回民涌进安徽的过程中，也融合了部分汉民。有的汉民因与回民联姻，改奉伊斯兰教，历经数代就自然而然地同化于回族之中了。今怀远、寿县、利辛等地这种例子不在少数。