中医理论方面

新安医派深入研究中医经典著作，探讨中医基础理论，阐发古典医籍深义要旨，做出不少成绩。明清时期，徽州有关《内经》、《难经》、《伤寒论》和《金匮要略》四部经典医著的注疏、考释、集解、辨误之作达几十种。其中在国内影响最大的有方有执《伤寒论条辨》、吴昆的《黄帝内经素问吴注》、汪昂的《素问灵枢类纂约注》。吴著将《素问》七十九篇原文逐篇分段注解，有所阐发，是国内主要注本之一。汪著对《素问》、《灵枢》除针灸以外的主要内容，分类编纂，详加注解，内容精简，条理清楚，极大地方便后人学习，也是国内影响较大的注本之一，流传很广。
新安医派不囿陈说，敢于开展学术争鸣和斗争。祁门汪机医德高尚，医术高明，医理精深，虽遵古而不泥古，兼取众家之长，弃其所短，参以己见，提出“调补气血，固本培元”的医学思想。反对专用针灸，认为应在辨证论治原则下，针、灸、药各随病情而用，不能只取一途。休宁孙一金通《周易》，精医术，倡“易医同源”，宗“理气合一”，综合各家之长和亲身体会，溶益气温补于一身，善用参芪，慎用苦寒，形成扶真阳抑温补的学术思想。在明末有关“命门”和“三焦”问题的争论中，他引“太极”阐“命门”，以“无形”述“三焦”，颇有影响。在关于《伤寒论》研究方面的不同流派的争论中，方有执首倡“错简说”，创“三纲鼎立”学说，和者四起，形成“错简派”，影响最大。这些学术争鸣，总的来说，对于穷究古典医籍的深奥义理，对于中医理论的发展、综合及体系化，都起了很大的促进作用，