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核苷酸序列中含另一基因的部分或全部核苷酸序列的基因。即一般序列含合成不同多肽链（或其他功能）的基因。包括编码序列和调控序列的重叠。1977年在单链噬菌体φ×174中初次发现。该噬菌体的10个基因中，基因E和D重叠，基因A、B、K、C重叠。
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