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细菌对外源DNA的分解作用。即限制了外源DNA的侵入。机理是利用本身合成的位点专一的内切酶降解侵入的噬菌体DNA、F因子、转化因子等。而细菌本身的DNA分子由于合成后的修饰作用而受到保护。在基因工程中，为确保重组DNA分子免遭破坏，要选用限制缺陷的突变体作为受体。
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