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本身无独立表型效应，只对另一主效基因的表现程度有修饰作用的基因。例如黄牛的花斑为一对隐性基因SS所决定。但是，花斑的多少变异幅度很大，受许多修饰基因的影响。而这种修饰基因在显性基因S存在的黄牛中不起作用，只对隐性纯合体SS起修饰作用。
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