马鞍菌科Helvellaceae

的鹿花菌(Gyromitra escu-lenta)俗名假羊肚菌，却是一种使人致命的毒菌； 麦角菌目(Clavicipitales) 中的麦角菌(Claviceps pur-purea)在麦类谷粒上形成麦角，人误食污染有麦角的面粉会发生麦角中毒。虫草属 (Cordyceps) 的真菌寄生在鳞翅目昆虫的蛹上，形成了有名的中国药物即冬虫夏草。子囊菌中有些为严重的植物病原菌，如白粉菌目(Erysiphales)和小煤炱菌科(Meliolaceae)的真菌都是专性寄生菌；外囊菌目(Taphrinales)的寄生性也很强，但它们能在人工培养基上生长，其他多数子囊菌为不同程度的兼性寄生菌。其中大家熟知的一些病菌有畸形外囊菌(Taphrina deformans)引起桃缩叶病； 榆长喙壳菌(Ophiostoma ulmi)引起荷兰榆病，寄生内座壳菌(Endothia parasitica)严重为害美洲板栗。粉被炭团菌(Hypoxylon pruinosum) 在北美曾引起一种毁灭性的杨树溃疡病等。