（二）水环境质量

自20世纪80年代以后，随着城市人口的急剧增长和工农业生产的发展，特别是在人口集中、工业发达的城镇，大量有毒、有害的污染物质随废、污水排向江河、湖泊水域，使天然水资源受到严重污染，而且污染日益加剧。以1999年为例，全省废、污水排放总量达7.64亿多吨，其中工业废水3.71亿吨，城市生活污水3.93亿多吨。废、污水中有毒、有害物质主要是有机物、氨、氮、酚、氰、砷、汞、镉、铅、铬、石油类、悬浮物等。虽有不同程度的污染治理，但仍跟不上污染程度。所以水环境质量有逐年恶化趋势。除工业废水、生活污水等污染源污染外，还有降雨径流冲刷的面源污染，随着农田化肥、农药的大量施放及水土流失，面源污染也不可忽视，在点源污染小的区域，面源成了主要污染源。
污染最严重河段主要是泸江开远段，螳螂川，南盘江，龙川江楚雄段，北盘江宣威段，星宿江—平浪段，比江兰坪和云龙段，漾弓江的丽江段，南汀河澜沧段等。污染重的湖泊主要是滇池、杞麓湖、异龙湖。