（一）改革拨款制

1986年9月，按照国家科委、财政部《关于做好地方科研事业费划转工作的通知》，福建科研事业费划转改革全面展开。至1987年2月，省级科研事业费划转工作完成， 省属农业科研事业费划归省科委统一管理。1987年7月地（市）级划转工作全部完成， 1988年上半年县级划转工作也基本完成。
1987年3月6日， 省科委、省财政厅联合下达《关于印发技术开发研究单位改革减拨事业费的意见通知》，并对省级59个科研单位进行分类。绝大多数农业科研单位划归包干类型，仅有省农机研究所、省水轮泵研究所、省亚热带园艺植物研究中心等划归技术开发类型。
同时，省科委、省财政厅制定《关于实行包干制单位科研事业费管理的实施细则》，确定农林类科研单位实行事业经费包干，“三金”提取比例和发放奖金免税限额与顶抵科研事业费拨款基数比例挂钩的办法。1987年10月，省科委、省财政厅下达《福建省包干制单位科研事业费管理考核暂行办法》，决定对省级包干制科研单位进行考核，根据考核评分，执行奖惩。对各项考核内容完成好的单位将核增下一年度的科研事业费，发给奖金，并给予表扬；对完成任务差的单位相应扣发当年奖金额并核减下一年度的科研事业费， 同时给予通报批评。1990年，福建省拨款制度改革基本完成。