（三）困境中前进阶段1966—1977年

从1966年6月开始的“文化大革命”，10年动乱，畜牧兽医工作受到冲击，在农村批判资本主义，没收了社员自留地，禁止社员私人养猪、鸡、鸭和畜产品上市，不准社员搞家庭副业等，畜牧业遭到破坏，1968年猪存栏数比1965年减少了52.58万头，牛减少了1947万头，畜牧业产值也减了1 548万元。
但是由于广大农民群众，农村干部，各级农牧部门和事业单位的工人、科技人员努力排除“文化大革命”的干扰和破坏，尽量减少畜牧业生产方面的损失。1969年成立自治区生产指挥部，设立农林水服务站，站内设畜牧组。1970年恢复各厅局，成立了自治区农林局。1974年成立自治区农业局，下设畜牧处，还成立了自治区养猪办公室。主要抓了三项工作。