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见“进化论”中的“分子进化”。
载有遗传密码的DNA的碱基及种种蛋白质的氨基酸排列顺序的进化，从而导致新种的形成。参与此进化的突变与自然选择几乎无关。有人认为这是生物进化的主流，从而对新达尔文主义提出挑战，受到学术界的广泛注意。参见“非达尔文进化”。
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