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创建于1957年，初名历史研究室，隶属中科院新疆分院，1965年更名自治区民族研究所，1981年更为现名。现有研究人员12人，藏书和资料16余万册。已出版著作有《新疆简史》(1—3册)、《新疆历史词典》、《中亚史》、《突厥史》等。
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